تطبق وزارة التجارة سياسات وإجراءات ومعايير أمنية معتمدة يتم مراجعتها وتحديثها بشكل دوري، وتتوافق مع الأطر والضوابط الصادرة من الهيئة الوطنية للأمن السيبراني والتشريعات الوطنية ذات العلاقة، كذلك يتم تطبيق أفضل الممارسات والمعايير العالمية في الأمن السيبراني مثل (معيار ايزو 27001) الخاص بنظام إدارة أمن المعلومات، مما يساهم في تعزيز وحماية الأصول المعلوماتية لجميع الخدمات التي تقدمها الوزارة من المخاطر السيبرانية المحتملة.
كما يطبق موقع وزارة التجارة درجة عالية من الأمان ويتم مراجعتها بشكل دوري حيث يتم فرض استخدام التحقق الثنائي للدخول على الموقع وذلك "لحماية البيانات والوصول الآمن".